बीसवीं शताब्दी के अधिकांश समय में, कोको (Theobroma cacao) को एक सरल तीन-तरफ़ा मॉडल से वर्णित किया गया: Criollo, Forastero और Trinitario। Criollo प्रारंभिक मेसोअमेरिकी खेती के दुर्लभ, हल्के, सुगंधित कोको का प्रतिनिधित्व करता था; Forastero अधिकांश विश्व फसल के पीछे के कठोर, अधिक-उपज वाले अमेज़न कोको का; और Trinitario दोनों के बीच संकरों का। यह मॉडल पढ़ाने में आसान था और अभी भी व्यापक रूप से दोहराया जाता है, पर यह एक अति-सरलीकरण है।

मुख्य समस्या यह है कि "Forastero" कभी एक वास्तविक जैविक समूह नहीं था। यह उस हर चीज़ के लिए एक सर्व-समावेशी लेबल था जो Criollo नहीं थी, और इसने प्रजाति की अधिकांश वास्तविक विविधता को छिपा दिया। अमेज़न बेसिन का जंगली और अर्ध-जंगली कोको एक एकल श्रेणी द्वारा व्यक्त की जा सकने वाली विविधता से कहीं अधिक विविध है, और इसे एक प्रकार के रूप में मानना उस भिन्नता को अदृश्य बना देता था।

Motamayor et al. (2008) ने इसे सीधे संबोधित किया। कोको जर्मप्लाज़्म के एक व्यापक संग्रह में आणविक मार्करों का उपयोग करते हुए, उन्होंने प्रजाति को दस आनुवंशिक समूहों में पुनर्वर्गीकृत किया: Criollo, Amelonado, Contamana, Curaray, Guiana, Iquitos, Marañón, Nacional, Nanay और Purús। इनमें से अधिकांश समूह ऊपरी अमेज़न के क्षेत्रों से मेल खाते हैं, जो प्रजाति की विविधता का केंद्र है। इस ढाँचे में Criollo एक समूह बना रहता है, Amelonado (कम-विविधता वाली निचली-अमेज़न आबादी जो ऐतिहासिक रूप से पश्चिम अफ़्रीका में फैली) दूसरा है, और जो कभी "Forastero" था उसका अधिकांश शेष अमेज़न समूहों में वितरित है।

यह पुनर्रचना दो ऐसे नामों को भी स्पष्ट करती है जिन्हें अक्सर ग़लत समझा जाता है। Trinitario कोई आनुवंशिक समूह बिल्कुल नहीं है। यह Criollo और अमेज़न कोको के बीच संकरण से उतरी संकर आबादियों का एक परिवार है, जो पहले Trinidad पर उत्पन्न हुआ, और यह एकरूप के बजाय आनुवंशिक रूप से परिवर्तनशील है। CCN-51, इसी प्रकार, एक एकल प्रजनित क्लोन है — इक्वाडोर में उपज और रोग सहिष्णुता के लिए चयनित एक संकर — न कोई समूह और न कोई पारंपरिक प्रकार। "Nacional" Motamayor योजना में वास्तव में एक समूह है: पश्चिमी-अमेज़न समूह जो ऐतिहासिक रूप से इक्वाडोर में उगाए गए पुष्प arriba कोको से जुड़ा है।

एक आधुनिक अभिलेखागार को तीन-तरफ़ा मॉडल के बजाय समूह ढाँचे का उपयोग करना चाहिए क्योंकि यह कोको विविधता की वास्तविक संरचना को दर्शाता है, आबादियों को संकरों और क्लोनों से अलग करता है, और मूल-स्थानों का वर्णन करने के लिए एक स्थिर, साक्ष्य-आधारित शब्दावली देता है। पुराने शब्द प्रतिबंधित नहीं हैं — वे एक उपयोगी संक्षिप्त रूप बने रहते हैं और व्यापार में लगातार प्रकट होते हैं — पर उन्हें आनुवंशिक नहीं, बल्कि ऐतिहासिक और व्यावसायिक श्रेणियों के रूप में समझा जाना चाहिए।

यह एक प्रारंभिक-चरण के अभिलेखागार में संदर्भ सामग्री है; सुधारों का स्वागत है।