Yirminci yüzyılın büyük kısmında kakao (Theobroma cacao) basit bir üçlü modelle tanımlanıyordu: Criollo, Forastero ve Trinitario. Criollo, erken Mezoamerikan yetiştiriciliğinin nadir, hafif, aromatik kakaosunu temsil ediyordu; Forastero, dünya mahsulünün çoğunun arkasındaki dayanıklı, yüksek verimli Amazon kakaosunu; ve Trinitario, ikisi arasındaki melezleri. Model öğretmesi kolaydı ve hâlâ yaygın olarak tekrarlanmaktadır; ancak bir aşırı basitleştirmedir.

Asıl sorun, "Forastero"nun hiçbir zaman gerçek bir biyolojik grup olmamasıdır. Criollo olmayan her şey için bir torba etiketiydi ve türün asıl çeşitliliğinin çoğunu gizliyordu. Amazon havzasının yabani ve yarı yabani kakaosu, tek bir kategorinin ifade edebileceğinden çok daha çeşitlidir ve onu tek bir tip olarak ele almak bu çeşitliliği görünmez kılıyordu.

Motamayor ve diğerleri (2008) bunu doğrudan ele aldı. Geniş bir kakao germplazm koleksiyonunda moleküler belirteçler kullanarak türü on genetik kümeye yeniden sınıflandırdılar: Criollo, Amelonado, Contamana, Curaray, Guiana, Iquitos, Marañón, Nacional, Nanay ve Purús. Bu kümelerin çoğu, türün çeşitliliğinin merkezi olan yukarı Amazon bölgelerine karşılık gelir. Bu çerçevede Criollo bir küme olarak kalır, Amelonado (tarihsel olarak Batı Afrika'ya yayılan düşük çeşitlilikteki aşağı Amazon popülasyonu) bir başkasıdır ve bir zamanlar "Forastero" olan şeyin büyük kısmı kalan Amazon grupları arasında dağılır.

Bu yeniden çerçeveleme, sıklıkla yanlış anlaşılan iki adı da netleştirir. Trinitario hiç de bir genetik küme değildir. Criollo ile Amazon kakaosunun çaprazlanmasından türeyen ve ilk olarak Trinidad'da ortaya çıkan bir hibrit popülasyon ailesidir ve tek tip olmaktan ziyade genetik olarak değişkendir. Benzer şekilde CCN-51, bir küme ya da geleneksel bir tip değil, tek bir ıslah edilmiş klondur — Ekvador'da verim ve hastalık dayanıklılığı için seçilmiş bir hibrit. "Nacional", Motamayor şemasında gerçekten bir kümedir: tarihsel olarak Ekvador'da yetiştirilen çiçeksi arriba kakaosuyla ilişkilendirilen batı Amazon grubu.

Modern bir arşiv, kakao çeşitliliğinin asıl yapısını yansıttığı, popülasyonları hibritlerden ve klonlardan ayırdığı ve menşeleri tanımlamak için istikrarlı, kanıta dayalı bir kelime dağarcığı verdiği için üçlü model yerine küme çerçevesini kullanmalıdır. Eski terimler yasaklanmış değildir — yararlı bir kısaltma olmaya devam ederler ve ticarette sürekli görünürler — ancak genetik kategoriler olarak değil, tarihsel ve ticari kategoriler olarak anlaşılmalıdırlar.

Bu, erken aşamadaki bir arşivdeki referans materyalidir; düzeltmeler memnuniyetle karşılanır.