Sepanjang sebagian besar abad kedua puluh, kakao (Theobroma cacao) digambarkan dengan model tiga arah yang sederhana: Criollo, Forastero, dan Trinitario. Criollo mewakili kakao yang langka, lembut, dan beraroma dari budidaya Mesoamerika awal; Forastero mewakili kakao Amazon yang tangguh dan berhasil-tinggi yang menjadi dasar sebagian besar hasil panen dunia; dan Trinitario mewakili hibrida antara keduanya. Model ini mudah diajarkan dan masih diulang luas, tetapi merupakan penyederhanaan berlebih.

Masalah utamanya adalah bahwa "Forastero" tidak pernah menjadi kelompok biologis yang nyata. Itu adalah label serba-guna untuk segala sesuatu yang bukan Criollo, dan label itu menyembunyikan sebagian besar keragaman aktual spesies ini. Kakao liar dan semi-liar dari cekungan Amazon jauh lebih beragam daripada yang dapat diungkapkan oleh satu kategori, dan memperlakukannya sebagai satu tipe membuat keragaman itu tak terlihat.

Motamayor dkk. (2008) menangani hal ini secara langsung. Dengan menggunakan penanda molekular pada koleksi plasma nutfah kakao yang luas, mereka mengklasifikasikan ulang spesies ini menjadi sepuluh kelompok genetik: Criollo, Amelonado, Contamana, Curaray, Guiana, Iquitos, Marañón, Nacional, Nanay, dan Purús. Sebagian besar kelompok ini sesuai dengan kawasan-kawasan di Amazon hulu, pusat keragaman spesies ini. Dalam kerangka ini Criollo tetap menjadi satu kelompok, Amelonado (populasi Amazon hilir berkeragaman rendah yang secara historis disebarkan ke Afrika Barat) menjadi kelompok lain, dan sebagian besar dari apa yang dahulu "Forastero" tersebar di seluruh kelompok Amazon yang tersisa.

Pembingkaian ulang ini juga memperjelas dua nama yang sering disalahpahami. Trinitario sama sekali bukan kelompok genetik. Itu adalah keluarga populasi hibrida yang merupakan keturunan dari persilangan antara Criollo dan kakao Amazon, yang pertama kali muncul di Trinidad, dan beragam secara genetik ketimbang seragam. Demikian pula, CCN-51 adalah klon hasil pemuliaan tunggal — sebuah hibrida yang diseleksi di Ekuador untuk hasil dan toleransi penyakit — bukan kelompok dan bukan tipe tradisional. "Nacional" benar-benar merupakan sebuah kelompok dalam skema Motamayor: kelompok Amazon barat yang dikaitkan dengan kakao arriba berbunga yang secara historis ditanam di Ekuador.

Sebuah arsip modern sebaiknya menggunakan kerangka kelompok genetik ketimbang model tiga arah karena kerangka itu mencerminkan struktur aktual keragaman kakao, membedakan populasi dari hibrida dan klon, serta memberi kosakata yang stabil dan berbasis bukti untuk menggambarkan asal-usul. Istilah yang lebih lama tidak dilarang — istilah itu tetap berguna sebagai singkatan dan terus-menerus muncul dalam perdagangan — tetapi sebaiknya dipahami sebagai kategori historis dan komersial, bukan kategori genetik.

Ini adalah bahan rujukan dalam arsip tahap awal; koreksi disambut baik.