Przez większość XX wieku kakao (Theobroma cacao) opisywano za pomocą prostego trójstronnego modelu: Criollo, Forastero i Trinitario. Criollo oznaczało rzadkie, łagodne, aromatyczne kakao wczesnej uprawy mezoamerykańskiej; Forastero — wytrzymałe, wysokoplenne amazońskie kakao stojące za większością światowych zbiorów; a Trinitario — hybrydy między tymi dwoma. Model był łatwy do nauczania i wciąż jest szeroko powtarzany, lecz jest nadmiernym uproszczeniem.

Główny problem polega na tym, że "Forastero" nigdy nie było prawdziwą grupą biologiczną. Była to etykieta-worek na wszystko, co nie było Criollo, i ukrywała większość rzeczywistej różnorodności gatunku. Dzikie i półdzikie kakao basenu Amazonki jest znacznie bardziej zróżnicowane, niż może to wyrazić jedna kategoria, a traktowanie go jako jednego typu czyniło tę zmienność niewidoczną.

Motamayor i in. (2008) zajęli się tym bezpośrednio. Wykorzystując markery molekularne w szerokiej kolekcji materiału genowego kakao, dokonali reklasyfikacji gatunku na dziesięć klastrów genetycznych: Criollo, Amelonado, Contamana, Curaray, Guiana, Iquitos, Marañón, Nacional, Nanay i Purús. Większość tych klastrów odpowiada regionom górnej Amazonii, centrum różnorodności gatunku. W tym ujęciu Criollo pozostaje jednym klastrem, Amelonado (mało zróżnicowana populacja dolnej Amazonii historycznie rozprzestrzeniona do Afryki Zachodniej) jest kolejnym, a większość tego, co niegdyś było "Forastero", rozłożona jest na pozostałe grupy amazońskie.

To przeformułowanie wyjaśnia również dwie nazwy, które są często źle rozumiane. Trinitario w ogóle nie jest klastrem genetycznym. To rodzina populacji hybrydowych wywodzących się z krzyżówek między Criollo a amazońskim kakao, które po raz pierwszy powstały na Trynidadzie, i jest genetycznie zmienna, a nie jednolita. Podobnie CCN-51 to pojedynczy wyhodowany klon — hybryda wyselekcjonowana w Ekwadorze pod kątem plonu i tolerancji na choroby — a nie klaster i nie tradycyjny typ. "Nacional" jest rzeczywiście klastrem w schemacie Motamayora: zachodnioamazońską grupą kojarzoną z kwiatowym kakao arriba historycznie uprawianym w Ekwadorze.

Współczesne archiwum powinno używać ujęcia klastrowego zamiast modelu trójstronnego, ponieważ odzwierciedla ono rzeczywistą strukturę różnorodności kakao, odróżnia populacje od hybryd i klonów oraz daje stabilne, oparte na dowodach słownictwo do opisywania pochodzeń. Starsze terminy nie są zakazane — pozostają użytecznym skrótem i nieustannie pojawiają się w handlu — lecz należy je rozumieć jako kategorie historyczne i handlowe, a nie genetyczne.

To materiał referencyjny we wczesnej fazie archiwum; poprawki są mile widziane.