可可的风味并非完全由遗传决定。其中很大一部分是在收获之后、在发酵和干燥过程中创造出来的，这些步骤把一颗苦涩、收敛的种子变成某种明显带有巧克力味的东西。理解这一链条，就能解释为何两个使用相同种植材料的庄园会生产出截然不同的可可。

收获与剥荚

收获在可可荚成熟时开始，主要依据颜色变化和敲击时的空响声来判断。未熟的可可荚果肉和糖分太少；过熟的可可荚则有种子发芽或染病的风险。成熟的可可荚通常在几天内剥开。剥荚是徒手打开果实——用钝器或木棒可避免切伤种子——把仍裹着果肉的湿种子舀出，而外壳和中央胎座则被丢弃。

果肉的作用

每粒鲜种子都裹在甜味、富含糖分、带酸味的果肉（即黏液）之中。这种果肉是发酵的燃料。在通常意义上，并不是种子本身在发酵；而是微生物消耗包裹种子的果肉，它们活动的副产物渗入种子并触发其内部的化学变化。

发酵

发酵中的豆子被堆成覆有叶子的堆，或放入允许排液和通气的条板木箱——发酵箱——之中。木箱带来更均匀、更可控的结果；堆式则简单且成本低廉。

发酵遵循一种微生物演替。在第一个缺氧阶段，酵母菌和乳酸菌分解糖分，产生乙醇和乳酸，并开始排出果肉。随着豆堆变松并被通气，醋酸菌接手，把乙醇氧化为醋酸并释放热量。温度通常攀升至45至50摄氏度以上。这种热量和酸度杀死种子胚胎，并驱动产生风味前体物质、降低涩味的反应。

翻动豆堆——通常每一到两天一次——使其通气并使温度均匀，促进醋酸阶段。发酵通常持续约四至七天。白豆或浅色豆可可，例如许多克里奥罗型材料，所需的发酵时间一般比亚马逊种群典型的紫豆可可更短，后者较高的多酚含量需要更长时间才能变得柔和。过度发酵会产生火腿味、腐臭的异味；发酵不足则使豆子带涩味且呈板状。

切片测试用于检查进度：把豆子纵向切开，发酵良好的豆子呈现棕色、开裂、有裂隙的子叶，而非致密的紫色或灰色板状。

干燥

干燥降低水分，使豆子能够储存和运输，并让残余的醋酸逸出，同时风味发展继续进行。在高架床或晒台上日晒干燥最为常见，水分目标约为6%至7%。干燥过快会把酸度和苦味困在豆子内部；干燥过慢则招致霉变和异味。烟熏污染和不良的空气流通会留下持久的缺陷。

发酵与干燥共同决定了可可最终特征的大部分。遗传设定了潜力；采后实践则决定其中多少能够抵达成品板。